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別会社なのに代表者が同じというケースはよくあることです。

主な事例としては、

同じ人が幾つかの事業を展開していて、それぞれを別会社にしているケースです。

このケースで、別会社間で取引する場合は注意が必要です。

それぞれの会社において株主総会（または取締役会）の承認が必要になるからです。

なぜかと言うと、

別会社であっても代表者が同じなので、

代表者の一存で、どちらかの会社に有利な方法で取引することが出来てしまうからです。

これを防ぐために、それぞれの会社内での承認が必要となっているのです。

実務的に良くあるのは、

一方の会社名義の不動産や自動車を他方の会社に売買するケースで、

法務局や陸運局に提出する書類に、株主総会議事録を追加する必要があります。